应用技术研究院为科学技术发展院内设处级机构。负责全校横向科技合作、科技成果转化和驻外研究院管理等相关工作。主要职能包括：

1. 负责落实国家科技合作、科技成果转化和知识产权管理服务等有关政策，拟定学校相关工作规划和规章制度并组织实施；

2. 负责学校与地方政府、企事业单位的产学研合作，做好驻外研究院及校企合作平台的管理服务工作；

3. 负责横向科技项目洽谈、合同签订、登记、实施与结题的全过程管理；

4. 负责知识产权的申请维护工作。做好专利、软件著作权、专有技术等科技成果的转移转化工作；

5. 负责武汉市技术交易市场（华中科技大学站）的建设与管理；

6. 学校交办的其他相关工作。

华中科技大学国家技术转移中心依托应用技术研究院运营管理。应用技术研究院内设校地校企科技合作办公室和科技成果转化办公室。